در ماژول مدیریت تغییرات، تمام فرم‌های برنامه ­ریزی در حوزه‌های دانشی مدیریت پروژه جهت ثبت درخواست تغییر نمایش داده می­شود و مدیر پروژه می‌تواند تغییرات مورد نظر را در فرم ثبت نموده و در صورت لزوم، تغییرات مورد نیاز را در مدل زمان­بندی پروژه (فایل MSP جدید) ایجاد نماید و برای سطوح کنترلی جهت بررسی ارسال نماید.

همچنین در شرایطی که تغییرات عمده‌ای در اهداف، بودجه و اقلام تحویلی عمده پروژه‌ ایجاد گردد که نیاز به دریافت مصوبه جدید (اصلاح مصوبه)  باشد، مدیر پروژه از طریق ماژول مدیریت تغییرات اقدام به تکمیل منشور پروژه اصلاحی می‌نماید تا این تغییرات توسط سطوح کنترلی مورد بررسی قرار گیرد. در صورت تایید منشور پروژه اصلاحی لازم است تغییرات مربوطه در فرم‌های برنامه‌ریزی نیز توسط مدیر پروژه در ماژول مدیریت تغییرات ثبت و برای سطوح کنترلی جهت بررسی ارسال گردد.

تغییرات در سامانه مدیریت تغییرات به سه دسته تغییرات منشوری، تغییرات کلان (مهم) و تغییرات جزئی تقسیم شوند:

• تغییرات منشوری: مجموعه تغییراتی که پس از تصویب پروژه منجر به ایجاد تغییرات عمده‌ای در منشور پروژه می‌گردند مانند تغییر در اهداف پروژه، بودجه، اقلام تحویلی عمده و غیره.
• تغییرات کلان (مهم): هرگونه تغییر در آخرین برنامه‌ریزی مصوب شده در حوزه‌های دانشی پروژه و مدل زمان‌بندی پروژه (فایل MSP)، تغییرات کلان نامیده می­شود. (این تغییرات به‌جز مواردی است که در منشور پروژه وجود دارد.)
• تغییرات جزئی: به هرگونه تغییر در پروژه غیر از تغییرات منشوری و کلان، تغییرات جزئی گفته می‌شود. به دلیل تاثیر کم این تغییرات در اجرای پروژه نیازی به ثبت آنها در سامانه EPM نیست.